Les calques se trouvent dans la partie gauche de la timeline, en bas à gauche de l’interface. Si vous utilisez Callipeg en mode gaucher, les calques se trouvent en bas à droite de l’interface. Si vous ne voyez pas les calques ou la timeline, touchez la 3ème icône située dans la partie gauche de la barre supérieure (dans la partie droite si vous utilisez le mode gaucher) pour afficher ou cacher la timeline.
Pour ajouter un nouveau calque, touchez cette icône afin d’accéder aux types de calques. Le nombre à côté de cette icône indique le nombre total de calques. 
Ajoutez un calque en touchant l'icône dessin, vidéo, audio, transformation ou groupe. Il y a 5 types de calques, le calque Dessin, le calque Vidéo, le calque Audio, le calque Transformation et le calque Groupe.
Le calque Dessin est le calque basique sur lequel vous pouvez dessiner votre animation.
Le calque Vidéo est un calque dans lequel vous pouvez importer des vidéos.
Le calque Audio est un calque dans lequel vous pouvez importer, enregistrer et éditer des clips audio.
Le calque Transformation permet d’utiliser des images clés et des courbes afin d’animer rapidement le contenu des calques dessin.
Le calque Groupe permet de contenir d'autres calques et de créer une hierarchie pour mieux gérer les calques nombreux. Tapez deux fois sur le nom d’un calque pour le renommer. Si le nom est trop long, touchez avec deux doigts et écartez-les dans le sens de la largeur pour cacher les icônes du calque et donner plus d’espace pour le nom. Pincez en rapprochant les doigts pour rétablir les icônes.
Tapez deux fois sur le nom d’un calque pour le renommer. Si le nom est trop long, touchez avec deux doigts et écartez-les dans le sens de la largeur pour cacher les icônes du calque et donner plus d’espace pour le nom. Pincez en rapprochant les doigts pour rétablir les icônes.
Touchez cette icône pour coller un calque à partir d’un autre plan. 
Touchez cette icône pour ouvrir les options d'import. 
Touchez cette icône pour sélectionner tous les calques du premier niveau de hierarchie. Touchez une nouvelle fois pour tout désélectionner. La barre horizontale en haut de la pile de calques apparaît quand vous avez plus d’un calque et permet d’étendre et de rapetisser la timeline et les calques en la faisant glisser de haut en bas.
Pour déplacer un calque faites-le glisser vers le haut ou vers le bas de la pile, le rectangle orange indique où vous pouvez le relâcher.
Faites glisser de gauche à droite pour sélectionner un ou plusieurs calques, qui deviennent oranges. Touchez n’importe où dans la pile des calques pour désélectionner.
Cette flèche permet de changer de calque en sélectionnant les pixels sur la toile. Touchez la flèche pour démarrer la sélection, puis touchez l’écran sur la toile en glissant sans relever le pencil afin de trouver le calque que vous cherchez.
Si plusieurs calques se superposent sur le même pixel, vous pouvez choisir le calque dans la liste qui s’affiche.
Touchez le nom du calque dans la liste pour le rendre courant.
